公元前186年8月27日，安赫玛基斯与他的儿子发动了一次对底比斯的最后一搏，但被科马努斯击败。

这次胜利重新确立了托勒密在上埃及（UpperEgypt）以及“三十舍伊诺斯地区”（triakontasos）的统治。

该地区的神庙中，自公元前206年以来统治该地的麦罗埃国王的名字都被抹去。

安赫玛基斯被带到亚历山大港（Alexandria），并于公元前186年9月6日被处决。

不久后，一次官方的祭司会议在该城举行，并通过了一项法令，即今天被称为“菲伦西斯二世法令”（philensisIIdecree），在法令中，安赫玛基斯因叛乱和各种对人类和神灵的罪行而被谴责。

一个月后，即公元前186年10月9日，托勒密五世颁布了“赦免法令”（Aydecree），要求所有逃犯和难民返回家园，并赦免他们在公元前186年9月前犯下的所有罪行（寺庙抢劫除外）。

此举意在恢复因长时间战争而被弃耕的土地。

为防止南方再度发生叛乱，托勒密政府设立了新的上埃及军事总督职位（epistrategos），并由科马努斯自公元前187年起担任该职位。

希腊士兵被安置在南方的村庄和城市中，作为驻军，以应对可能发生的进一步动乱。

然而，下埃及（Lypt）的叛军仍在继续战斗。

公元前185年，将军阿尔戈斯的波利克拉底斯（polycratesos）成功镇压了叛乱。

他向叛乱领袖承诺，只要他们投降，将会受到宽厚对待。

叛军相信了他，自愿在公元前185年10月前往萨伊斯（Sais），但在那里他们被剥光衣物，被迫拖着手推车穿过城市，最终被折磨致死。

对于这种阴险的残酷手段究竟是波利克拉底斯还是托勒密五世负有责任，仍然存在争议。

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在第五次叙利亚战争结束后，托勒密五世试图在世界舞台上重新确立托勒密王朝的力量，并试图收复一些被塞琉古王朝夺走的领土，但收效甚微。

公元前192年，罗马-塞琉古战争爆发，托勒密五世派遣使团前往罗马，提供财政和军事支持，但元老院拒绝了，显然是因为对托勒密五世在公元前194\/3年与安条克三世（AntiochIII）单独媾和感到不满。

公元前191年，托勒密再次派遣使团前往罗马，祝贺元老院在温泉关战役（battleoftheropye）中的胜利，并提议在托勒密王朝的支持下对塞琉古王朝采取进一步行动，但使团只被感谢了祝贺并获赠礼物。

在公元前188年战争结束时，罗马人对安条克三世施加了《阿帕米亚和约》（treatyofApaa），迫使他放弃在小亚细亚的所有领土，但他们并未将托勒密王朝在该地区的旧有领土归还给托勒密五世，而是将其授予了佩加蒙（pergaon）和罗德岛（Rhodes）。

公元前187年，安条克三世去世，由其子塞琉古四世（SeleucIV）继位后，托勒密五世开始为一场重新夺回科勒-叙利亚（ele-Syria）的战争做准备。

托勒密五世的童年朋友、宦官阿里斯托尼库斯（Aristonic）于公元前185年被派往希腊招募雇佣兵。

同时，托勒密国王恢复了其祖父托勒密三世·尤尔盖特斯（ptoleyIIIEuergetes）与阿哈亚联盟（AchaeanLeague）的联盟关系，向联盟提供了金钱援助并承诺赠送战船。

为了提高他在希腊的声望，托勒密五世还在公元前182年的泛雅典娜节运动会（panathenaicGas）中参加了一支战车队伍。

同年，阿里斯托尼库斯率领舰队对叙利亚发动袭击，攻击了阿拉杜斯岛（Arad）。

托勒密五世在公元前180年9月突然去世，当时他还不到三十岁。

古代历史学家声称他被宫廷大臣毒杀，因为他们认为托勒密意图没收他们的财产以资助他新的叙利亚战争。