公元前201年，安条克三世入侵巴勒斯坦并最终占领了加沙（Gaza）。

科勒-叙利亚的托勒密总督托勒密（ptoley）叛变投靠了安条克三世，将他的领地一起交给了安条克三世，并继续担任总督。

同时，菲利普五世占领了萨摩斯（Saos）并入侵卡里亚（caria）。

这引发了与罗德岛（Rhodes）和阿塔利德家族（Attalids）的冲突，他们也派遣使节前往罗马。

公元前200年夏天，菲利普五世征服了托勒密王朝在色雷斯（thrace）和赫勒斯滂（hellespont）的领地及独立城市，罗马随后介入，爆发了第二次马其顿战争（Seaianwar）（公元前200-197年）。

托勒密将军斯科帕斯（Spas）在公元前201\/200年冬季期间成功地重新占领了巴勒斯坦。

但公元前200年，安条克三世再次入侵并在帕尼翁战役（battleofpaniu）中大败斯科帕斯。

罗马使节曾试图在托勒密五世和安条克三世之间调停和平，但成效不大，基本上放任埃及人自生自灭。

斯科帕斯在冬季被围困于西顿（Sidon），到公元前199年夏初不得不投降。

他被派回其家乡埃托利亚（Aetolia）以招募军队，以备安条克三世进一步入侵埃及。

但安条克三世在公元前198年致力于巩固对科勒-叙利亚和犹太地区的控制，这些地区从此不再归属托勒密王朝。

公元前197年，安条克三世转向托勒密王朝在小亚细亚的剩余领地，征服了他们在基利基亚（cilicia）的城市，以及吕基亚（Lycia）和爱奥尼亚（Ionia）的数座城市，尤其是桑托斯（xanthos）、特尔梅索斯（telss）和以弗所（Ephes）。

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在托勒密四世·菲洛帕托统治的最后几年中，上埃及爆发了一场由本地法老胡格罗纳弗尔（hugronaphor）领导的叛乱，底比斯（thebes）于公元前205年11月失守。

该冲突持续了托勒密五世早期统治时期的内斗，以及第五次叙利亚战争期间。

公元前199年晚期，胡格罗纳弗尔由安赫温尼弗尔（Ankhwennefer）继位，或改名为安赫玛基斯（Ankhakis）。

不久之后，托勒密五世发动了大规模的南征，并在公元前199年8月围攻阿拜多斯（Abydos），从公元前199年晚期到公元前198年初重新夺回了底比斯。

第二年，尼罗河三角洲（Niledelta）中出现了另一股叛军，他们与安赫玛基斯存在某种关系，但其具体方式尚不完全清楚。

这批叛军占领了布西里斯（biris）附近的利科波利斯（Lypolis）并驻扎于此。

经过围攻后，托勒密军队重新控制了该城。

叛军首领随后被押送至孟斐斯（phis），并于公元前196年3月26日，在托勒密五世加冕为法老的庆典上公开处决。