恺撒随后决定继续南进，试图捕捉庞培，迫使召开会议。

庞培撤退到布伦迪修姆（brundisiu），并成功逃往希腊，面对恺撒更强大的军队，他放弃了意大利并成功避开了恺撒的追击。

恺撒在罗马附近停留了大约两周——在此期间，他强行接管了财政，并违背了部族法官的否决权，这也让他所谓的为部族法官辩护的战争理由不攻自破——随后他将意大利交给了莱皮杜斯（Lepid）管理，而他则出征庞培的西属省份。

他在伊勒尔达战役（battleofIlerda）中击败了庞培的两名副官，并迫使第三名副官投降。

之后，恺撒的副官进军西西里岛和非洲，但非洲远征以失败告终。

秋季时，恺撒返回罗马，指派莱皮杜斯担任执政官，依据一项法律任命恺撒为独裁官，以组织选举。

他与普布利乌斯·塞尔维利乌斯·伊萨乌里库斯（publiServiliIsauric）一起赢得了随后一年的选举，将在公元前48年共同担任执政官。

恺撒在担任独裁官仅11天后辞去职务，随后他离开意大利前往希腊，阻止庞培的备战，并于公元前48年初以强大兵力到达。

恺撒围困了庞培在迪尔哈基乌姆（dyrrhachiu）的兵营，但庞培成功突围，迫使恺撒的军队撤退。

恺撒追随庞培，进入希腊东南部，并为了救回一名副官，与庞培在公元前48年8月9日的法萨卢斯战役（pharsas）中展开决战，并最终彻底击败庞培。

庞培随后逃往埃及。

卡托（cato）逃往非洲。

其他一些人，如西塞罗（cicero）和马库斯·朱纽斯·布鲁图斯（aribrut），则乞求恺撒宽恕。

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庞培在到达埃及首都亚历山大港（Alexandria）时被杀害。

恺撒于公元前48年10月2日三天后到达。

由于季风的阻碍，恺撒无法离开城市，他决定调解埃及内战，介入儿童法老托勒密十三世·狄俄斯·菲洛帕托（ptoleyxIIItheosphilopator）与他的妹妹、妻子和共同摄政女王克利奥帕特拉（cleopatra）之间的争斗。

公元前48年10月底，恺撒在罗马收到他在法萨卢斯战役（pharsas）的胜利消息后，被任命为为期一年的独裁官。

在亚历山大港期间，他与克利奥帕特拉发生了私情，并且在托勒密和他的另一位妹妹阿尔西诺埃（Arsoe）围攻下坚持到公元前47年3月。

恺撒在帕加马的米特里达梯（ithridatesofpergau）等东部盟友的支援下，在尼罗河战役（battleoftheNile）中击败了托勒密，并将克利奥帕特拉立为统治者。

恺撒与克利奥帕特拉在尼罗河上举行了凯旋游行庆祝胜利。

他一直待在埃及，和克利奥帕特拉一起，直到同年6月或7月，尽管与他相关的评论并未暗示这一点。

大约在6月底，克利奥帕特拉为恺撒生下了一个孩子，名叫凯撒里昂（caesarion）。

当恺撒到达安条克（Antioch）时，他得知在他在埃及期间，现在的克里米亚国王法尔纳凯斯（pharnaces）试图夺回其父亲的王国——位于黑海对面的本都（pont），即今天的安纳托利亚北部。

他的入侵打败了恺撒的副官和当地的附庸国王，但恺撒在泽拉（Ze）与他交战，并立即击败了他，恺撒写下了“我来，我见，我征服”（veni,vidi,vici），这句话突显了他轻描淡写的对比庞培以往在本都的胜利。

随后，恺撒迅速离开，前往意大利。