明毅宗听后，立刻取消经筵日讲，更换上了（青袍）先跑去奉先殿内，向祖宗的灵位哭诉，在亲自去皇城祭告太庙，又命令文武百官们都更换上了（吉服）前来哀悼大明列祖列宗。

随后就下令逮捕明凤阳行都督府总镇巡抚兼都察院右佥都御史：杨一鹏，下北镇抚司诏狱，在命明山东总镇巡抚兼兵部右侍郎：朱大典，总督凤阳行都督府漕运并代理凤阳行都督府总镇巡抚官职，与明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，一起合力剿贼。

而明五司总督立刻上奏，请求道“四川总镇巡抚、总镇总兵俱移驻夔州府，进援湖广承宣布政使司襄阳府与陕西承宣布政使司汉中府，而湖广总镇巡抚、总镇总兵则分驻承天府兴都留守司、襄阳府，郧阳府巡抚则移驻去郧阳府、襄阳府，凤阳行都督府漕督则移驻到凤阳行都督府颍州、亳州，进援汝宁府、归德府，而山东总镇巡抚则移镇到淮安府进援南直隶地区，山西总镇巡抚则移到平阳府蒲州进援河南府灵宝县，陕西总镇巡抚则移西安府商州，围剿汉中府兴安守御千户所等地流寇，河南总镇巡抚则移汝州、南阳府之间，保定巡抚、总镇总兵移驻北直隶广平府邯郸县可南北策应。”

这些计策全部被朝廷批准，并且下令让明五司总督兼兵部尚书务必要在五个月之内，把这帮中原流寇们一网打尽。

3月12日，湖广承宣布政使司流寇攻陷了黄州府麻城县，而黄州府蕲州农民军：爬天王（黄大盗）拥有部众八百人，但在出动军队劫掠蕲州时，因兵力分散被村民们擒获住。

他身高八尺（约为2米5）被擒住时，大喊道“天亡我也，非我罪也！”

由于此人攻陷许多州县，又杀害无辜百姓和官军无数，故此被村民们分尸，其余农民军则被官军围剿兵败战死。

这让黄州府蕲州封地的明荆简亲王：朱慈烟，很是高兴，连忙下令奖赏了当地百姓们，还发了三万两银子给黄州府驻军，让他们再接再厉继续剿灭流寇。

另一边因凤阳行都督府流寇们，已经逃奔黄州府蕲州、黄梅县，而明五司总督刚到河南承宣布政使司汝宁府，就考虑入南直隶剿贼。

不过他依旧传令明四川总镇副总兵：邓玘，扼守湖广承宣布政使司襄阳府，再令明大同总镇总兵：曹文诏，来湖广承宣布政使司德安府随州、应城县之间，又让明西安府总兵：贺人龙、明汉中府总兵：刘成功，率兵分驻在汝宁府信阳州、南阳府泌阳县，等地，恐防其流寇入河南承宣布政使司。

之后汉中府流寇们就攻陷了汉中府宁羌州。

接着明四川总镇副总兵在襄阳府首府樊城关巡检司内，斩杀一批流寇军队，但所属川军并无纪律，且川军好淫掠。

再加之这次抢劫中，明保宁府左参将：王允承，率本部数千骑兵因上月军饷未发之事而造反，还趁着劫掠之际纵火焚烧。

明四川总镇副总兵只得登楼避难，却不幸被火烧死。

4月16日，明五司总督：洪承畴，掉头进入河南承宣布政使司汝州，以各部流寇大多数东逃入秦为由，他自己也打算率领诸将自汝州入陕西承宣布政使司，还檄榜明大同总镇总兵：曹文诏，会师合剿。

次日，明五司总督赶到河南府灵宝县，明大同总镇总兵则到达南阳府，洪军门提出以西安府商州、雒南县，为流寇活动区，汉中府、兴安守御千户所、平利县，为流寇寄留之境，令明大同总镇总兵带领天雄军出河南府阌乡县，直捣西安府商州、雒南县，压制兴安守御千户所，一带的流寇们无处藏身。

5月11日，明大同总镇总兵连夜赶到西安府商州、雒南县。

流寇们以山路险要设伏，但被天雄军识破，明大同总镇总兵直接架起火炮击败流寇伏兵。

之后明宣府总镇总兵：张全昌，自西安府咸阳县出兴平县之东，农民军：老回回（马守应）负责抵抗官兵，流寇连营有五十里。

这时明西安府总兵：贺人龙，趁机南入西安府长安县子午谷巡检司夺其南径，再由明汉中府总兵：刘成功，以及明兴安守御千户所游击将军：王永祥，往东南北走夜渡河进入凤翔府郿县，明五司总督也渡河追去。

明军一直追到凤翔府王渠镇巡检司，逼得流寇们无处可逃了，方才下马往凤翔府岐山县方向跑去，准备转入山中存活。

但贺疯子部陕西明军却勇猛追击，斩杀正在登山的流寇。

其余兵马也陆续赶到这里，明军们在岐山脚下架炮轰炸，再出动步兵与火铳队进山搜索流寇，其中明宣府总镇总兵率领的明军非常卖力，在半山腰就斩杀了许多流寇。

吓得部分流寇们被迫诈降下山，在冲出明军包围圈往东逃入西安府商州、雒南县，以及终南山一带藏身。

6月21日，明河南总镇巡抚：玄默，因剿贼不利，被朝中东林党派弹劾下刑部大狱。

接着圣旨下达，免去明陕西总镇巡抚：李乔，官职治罪，以「庸懦玩寇」为罪名，说其剿不灭流寇，改由明都察院右佥都御史：甘学阔，担任〈陕西总镇巡抚〉。

之后农民军：摇天动，趁机袭击巩昌府西和县。