之后陕西行都指挥使司西宁卫由于漠南蒙古察哈尔部南下过掠，南逃入朵甘都指挥使司答思麻万户府。

明五司总督兼陕西三边总督、兵部尚书：洪承畴，害怕有责任，便斩杀了明西宁卫指挥佥事：李挚，还率军出击朵甘都指挥使司。

却没想到西宁卫明军居然打算叛乱！

结果明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，不得不立刻还军，还让陕西行都指挥使司驻军南下，以防止西宁卫叛军脱逃。

而叛军则先发制人，分兵攻打陕西行都指挥使司凉州卫、永昌卫，被甘肃总镇治下的甘州左卫、甘州右卫、甘州前卫、甘州后卫、甘州中卫，这5卫出兵平定叛乱。

于是明五司总督兼兵部尚书就从陕西行都指挥使司甘肃总镇回师东行，流寇们听闻杀人不眨眼的洪军门将至，纷纷率部东逃，分道尽入河南承宣布政使司。

而明援剿副总兵：左良玉，则移军到河南承宣布政使司河南府渑池县。

明开封府左参将：陈永福、明四川总镇副总兵：邓玘，两人合兵在怀庆府济源县斩杀了流寇贼首：紫金梁（王自用）之后明军会师南阳府，各方战绩颇有斩获。

至于山西承宣布政使司黄河一带的流寇，大多数由官道北逃到山西行都指挥使司大同府灵丘县、广灵县，来回奔走于五台山。

倒是陕西承宣布政使司西安府、湖广行都指挥使司郧阳府各处告警，逼得刚入兴都留守司承天府的流寇们举兵东下常德府。

此时也让大同府封地的明代安亲王：朱彝?、以及常德府的明荣灵亲王：朱慈照，分别加强了山西行都指挥使司代亲王府仪卫司、代亲王护卫指挥使司（大同前卫、大同后卫）有一卫留守都司府，以及荣亲王府护卫指挥使司、荣亲王仪卫司、荣亲王群牧所，等处藩王机构防御。

12月13日，叛军：杨国董，率领三千骑兵，来到西安府城下乞抚，明陕西总镇巡按：范复粹，见状，不敢直接开城接受，而是登城观望。

打算继续固守城池，以防叛军诈降？

这时明陕西总镇巡抚兼都察院左佥都御史：李乔，正在西安府鄠县闻迅飞驰赶来，檄榜于贼。

双方在城中谈了一夜都没有退让，便不受抚，所以明陕西总镇巡抚就怀疑叛军，必西走西安府鄠县、盩厔县一带？

就密檄沿途官兵们设防于夹水沟。

因此时气候水草茂盛且泥潭众多，让骑兵不能驰骋杀场，待叛军一入夹水沟之后，就遭到了明军伏击，不得已叛军们就斩杀杨国董，提首级来降。

其余叛军们人人自疑互相对打，死伤千余人，均逃入终南山。

接着明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，就进入西安府华州继续剿贼，各方陕西流寇连忙从西安府朝邑县北撤，逃奔西安府澄城县、郃阳县。

农民军：混世王（马光玉）等部，则从凤翔府东奔进犯西安府。

由于明五司总督兼兵部尚书早一步进入西安府，所以他檄榜诸路兵马赶赴西安府合力击贼。

致使流寇仓皇逃到西安府东境，但明军也已经追击得疲惫不堪了，故此明五司总督兼兵部尚书恐防流寇东出河南府潼关卫，就先令明湖广总镇副总兵：张全昌、明西安府总兵：曹变蛟，奔走西安府渭南县、华州，之地，赶在前面阻击流寇。

而明五司总督兼兵部尚书则率兵到达河南府潼关卫红乡沟追击流寇。

明潼关卫游击将军：李效祖、明西安左卫守备：柏永镇，力战敌军，使流寇们不能进入潼关卫，因而转入西岳华山，却被明五司总督从西安府蓝田县加急赶过来，从山后小道进行围剿。

午时，流寇们知晓明军合围之意，便夜走西安府商州、雒南县，与农民军：老回回（马守应）等万余人，先占踞西安府雒南县山中。

明五司总督率诸将三千人前来围剿时，严令河南府潼关卫、阌乡县、灵宝县，等地封锁消息，不得放一个流寇入内。

先是明潼关卫总兵：尤世威，出战兵败于西安府雒南县，导致群贼们进入河南承宣布政使司河南府卢氏县逃去永宁县。

在到守隘诸将官兵们，因露宿在外，没有搭建帐篷已有三月！

这才引起了军中疫痢，士兵们低弱不能出战，仅有明援剿副总兵：左良玉，率军从河南府阌乡县赴援卢氏县救援。

而陕西承宣布政使司庆阳府境内的流寇们，趁机南下，烽火燃烧至西安府三原县、泾阳县、耀州、富平县，等地。