之后流寇们又复出攻打汉中府凤县、沔县守御千户所、凤翔府麟游县、西安府永寿县、同官县，等地之间搅的天翻地覆。

明军们在大举围剿凤翔府之时，流寇们就向西逃入凤翔府汧阳县、陇州。

随后明陕西三边总督就从汉中府调兵，北上进入陕西行都指挥使司甘肃总镇，先打退漠南蒙古察哈尔部，在图剿灭流寇之事。

此时明陕西总镇巡抚：练国事，则奏称“今日最难有五大事？其一；缺兵，自盗贼们起兵造反延绥总镇、榆林卫以来，我军兵力不足！又被转调至甘肃总镇，而宁夏七卫、甘肃总镇又丧师，今防插汉儿部（察哈尔部）尚且不足！又怎能分以兵力剿贼也？榆林卫兵止五千，被五司总督陈大人率以剿贼，而防秋又当西还，则兵愈少，其二；缺饷，西安府、凤翔府兵荒，故此所留新饷即使支尽，不能抵御三镇之用，都司府无兵可借，饷银怎能出？其三；缺官，荒盗频繁有参罚戴罪，有追赃客死，有失城就逮，道府且不乐就，何况有司？今官员欠缺三十多员，何以治民办贼？故缺官宜急补，而参罚亦减少也，其四；宗禄，奏俗嚣悍、贫宗尤甚、垂涎赈金、渐不可长，其五；驿地，秦、晋驿递，例不全给，今募夫之苦，更加千倍，故人人思遁，凡在冲路，宜全给以安其心。”

同时明陕西三边总督进军凤翔府岐山县，而驻扎在西安府三原县的流寇有十二万人，但明陕西三边总督统帅的兵力才仅有三千人！

故此只能依靠设伏，逼流寇从西安府耀州东奔同州。

眼下汉中府兵力有三千四百人，由明汉中府副总兵：左光先，统率、临洮卫和巩昌卫有兵力三千五百人，由明巩洮府总兵：孙显祖，统率、平凉卫兵力一千人，由明平凉府副总兵：艾万年，统率，但只可守城，出击尚且难以自保！

至于明西安府总兵：张全昌，所部六千人，则只专注于流寇行进动向为援剿之师。

6月13日，明五司总督：陈奇瑜、明郧阳府巡抚：卢象升，联合进剿湖广行都指挥使司郧阳府竹山县、竹溪县，各路山贼与流寇，连战斩杀一千七百人、俘虏七百人，淹死五千人、堕崖死伤者二千人。

7月初7日，陕西承宣布政使司投降的农民军，再次造反又攻陷了凤翔府陇州。

见此情况明陕西三边总督：洪承畴，连忙上奏道“入陕猖獗之贼，大抵可有十四五万，明知官军一二万不能四驰，才持其势众旁伏递进，使其剿贼之难，且贼多精骑，每跨双马，而我官军才马三步七追逐之难！贼攻堡掠野到处可资，官军待饷转连，则粮刍之难，贼入山负嵎，官兵相持一日，即坐误一日，则时日之难，且请盐课提举司发放银三十万，交与靖虏卫曹指挥使，让我军鼓其敌忾。”

这时流寇们到凤翔府宝鸡县，以借口称奉督抚之令招安想混入城内，守城明军们知其诈，不敢开门。

只敢放下吊桥，在用篮子拉他们上来城楼，先登城的36人尽杀之，其余流寇们见状，则尽数撤离。

事后明五司总督因借为辞，上奏弹劾地方官绅阻挠剿抚以激上怒，在命南镇抚司锦衣卫提骑（校尉）逮捕明宝鸡县知县：李嘉彦，以及明凤翔府乡绅员外郎：孙鹏，等五十人下刑部大狱。

8月12日，明五司总督发缴各镇兵四万五千人，开赴河南承宣布政使司，而中原流寇们则入侵开封府禹州、许州、长葛县，之间。

流寇十三营阵地在河南府永宁县、卢氏县一带，大有向山东承宣布政使司东进以诱降官军东出，在谋袭开封府首府祥符县为目地之举？

此举让在开封府封地且古稀之年，已经年近71岁的明周端亲王：朱肃溱，听到流寇大规模活动劫掠藩地亩产以及州县之时，暴跳如雷，因此卧病在床！

在陕西承宣布政使司的流寇们，则复陷凤翔府陇州，还屯兵在州城内。

明西安府副总兵：贺人龙，听闻消息后立刻发兵支援凤翔府陇州，并包围了州城。

流寇们到处收揽势力有；暴民、凶徒、山贼、叛军，相继加入还挑选精壮之人为前锋，又收城内的妇女老弱纳为妻妾，紧急时刻用来饵引官军，故此明军在围剿之际经常以百姓冒充流寇，俗称（杀良冒功！）

之后明五司总督上报降贼流寇名单有；一万三千八百人、斩首将领十人，其余流寇被遣还原籍。

剩下的流寇先是被明陕西三边总督追逐，逃窜到汉中府，在让四川承宣布政使司明军扼守巴蜀诸关，让流寇们无从掠夺食物，困守在陕西承宣布政使司汉中府兴安守御千户所车厢峡地区。

由于饥饿使得断粮之后的流寇，在闯王（高迎祥）的提议下决定诈降明军，但他们迫于明陕西三边总督：洪承畴，都是杀害投降流寇的，故此流寇们选择了投降明五司总督：陈奇瑜，以图后续发展。

因此有数万人流寇来降，史称「车厢峡之战」。

这让明五司总督很是高兴，他专门负责招抚受其降，还檄榜诸军按兵不动，在遣监护官保护降者，免遭屠戮。

因诸盗流寇未受大创，本无降意，只是由于饥饿，困于险地罢了！