尚宁被日本扣押期间，临时负责琉球王国政务的三司官马良弼于派遣使者出使明朝通报“倭乱”。

翌年又派遣进贡使来到福州，通过福建巡抚陈子贞等官员将“倭乱”之事禀报给万历。

但万历因为与内阁争执，早已经不理朝政，朝廷官员出现大量空缺，这件事情只能不了了之。

为何明朝对朝鲜可以出兵支援，对同为属国的琉球却是这样另一番反应？

因为朝廷士大夫已经有了共同的认识，大明在经历万历三大征之后，国库已经空虚。

另外一个原因便是琉球远隔重洋，而且大明海禁已久。

策倭者曰：是昔年蹂躏朝鲜，毁我藩篱。近又并吞中山，以二百余年恭顺之属国，而我不能救也。……嗟夫，以弹丸之岛、沧溟之隔，而欲暴师海外，踵往年朝鲜之故事，必不得矣。

也就是说琉球是弹丸小国，地处偏海，地理位置与明朝隔山阻海，如同援助朝鲜般大规模的兴兵征伐，所冒风险难于预测。又因岛津氏出兵之神速，一个多月时间已攻占琉球，明朝得到消息时，琉球国王已被岛津氏带往萨摩羁留，此时出兵救援为时已晚，只好利用自身的影响力迫使日本释放琉球国王归国。

而且，明朝已经洞察了日本入侵琉球主要是贪图贸易之利，于是限制琉球贡期，采取“十年一贡”的政策，为的就是粉碎日本利用琉球取利的图谋。

萨摩藩征服琉球王国后，为了直接控制琉球王国的政治和经济，建立了“在番奉行”制度，派遣萨摩藩家臣常驻琉球王国各主要附属岛屿，直接掌管各地的行政。

萨摩藩在宫古列岛首先设置了“宫古岛在番奉行”，两年后，在冲绳岛设置了“琉球在番奉行”。

江户幕府和萨摩藩都在一步步蚕食琉球王国的自主权。

在江户幕府的授权下，萨摩藩通过“掟十五力条”在政治上和经济上对琉球王国实行严格控制。琉球王国向中国派遣进贡船以及进贡船归国、册封使来港等外交大事，都要遣使向萨摩藩通报。

萨摩藩对琉球群岛的资源进行疯狂的掠夺。琉球王国的硫磺、蔗糖等重要产品的生产、流通都被萨摩藩所控制；琉球王国对明王朝朝贡贸易的丰厚利润被萨摩藩攫取；萨摩藩在琉球群岛征收人头税使琉球人民深陷苦难。

萨琉战争后，琉球王国依然接受明朝的册封，并向明朝进贡。万历四十年，球国王派遣进贡使出使明朝，奉表入贡。贡品中掺杂着一些日本土特产品。

首辅叶向高怀疑琉球王国已被日本兼并，日本人在暗中操控琉球的朝贡贸易，并从中受益，因而主张拒收琉球王国的贡品。

之后，将将琉球的贡期从二年一贡改为十年一贡，但到了天启年间，又改为五年一贡。

历史上，在五年后，江户幕府就会将琉球王国编入萨摩藩的领地，并禁止琉球国王使用“中山王”的称号，改称“琉球国司”。

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